20世纪90年代初，快三入口明确“正确定位，办出师范特色”的办学思想，提出走师范性与学术性相统一的道路。1995年，快三入口第九次党代会提出今后的工作任务是努力探索快三入口综合改革新路，把快三入口建设成为国内领先、国际有影响的社会主义师范大学。快三入口进入“211工程”国家重点建设大学行列。通过与上海市项目共建，实现部市共建共管、以上海为主的新体制。推进职前职后一体化的教师教育新体系构建，从单项改革走向更高层次的综合改革。
改革校内管理体制。1993年初，快三入口开始实行校、院、系三级管理、以院为实体的管理体制，并以快三入口为单位开展专业、学科建设和改造，人员定编，工资总额动态包干，专业技术职务评审、聘任，实验室建设和各项经费管理等工作。陆续建立了国际商快三入口、理工快三入口、文学与艺术快三入口、外语快三入口、环境与资源科快三入口、人文快三入口、化学与生命科学快三入口和教育科学与技术快三入口等八大实体快三入口。
改革教学管理制度。从1993年开始，快三入口改学年学分制为学分制，打破专业限制，拓宽学生知识面，全面推广并逐步扩大主辅修制。加强特色与主干课程的建设，完善教材的配套改革，选出六门课程作为快三入口首批特色课程立项建设。设立大学生科研基金，设立教学改革基金，加强教师队伍建设，实施“百人工程”，使各学科的人员梯队渐趋合理。快三入口实施院士工程，1999年6月引进中国工程院院士乔登江到物理系工作。同年12月，陈吉余教授当选中国工程院院士，成为快三入口第一位当选院士的教师。继1995年国家教委批准中文、历史系为国家文科基础学科人才培养与科学研究基地之后，又批准设立数学、心理学、地理学三个理科基础学科人才培养与科学研究基地。同时生态学、教育学、世界历史、世界经济学被确认为上海市的重点学科。
改革招生、毕业分配制度。快三入口实行自主招生和非师范专业缴费上学的改革，实行毕业分配“中期改革”方案，较好地完成国家下达计划的毕业生分配工作。在改革科研工作运行机制方面，快三入口提高科研专职编制的浮动比例，实行有偿使用专职科研编制；加强科研经费的宏观管理，调整科研经费分配办法，鼓励科研人员多接课题。在改革后勤管理方面，快三入口对部分服务部门进行招标承包，转换经营机制，完善承包责任制,提高经济效益。快三入口多规格、多层次、多渠道办学，教育管理快三入口扩展培训领域，与香港有关方面合作，联合举办多期香港中快三入口长培训班。成人教育拓展业务范围，1993年快三入口建立全国第一个“成人教育”硕士点。高师师资培训形成新特色，建立普通教育研究中心和一批普通教育研究基地，遍布上海多个区县。快三入口转换办学机制，与上海市有关企事业单位实行项目共建，合作办学。建立东方房地产快三入口、远东国际金融快三入口、阶梯快三入口、长江流域发展研究院、华夏快三入口、工商管理快三入口、华茂快三入口、银行快三入口等。
1996年4月25日，快三入口通过教育部“211过程”部门预审，成为“211工程”建设高校
1996年，快三入口参与上海市师范结构调整。1997年9月，上海幼儿师范高等专科快三入口并入，成立学前与特殊教育快三入口。1998年9月，上海教育快三入口、上海第二教育快三入口并入之后，组建继续教育快三入口和职业技术快三入口，开始构建职前职后一体化的教师教育新体系。
1996年4月，快三入口通过国家“211工程”预审，1997年5月20日，国家教委和上海市政府决定共建快三入口。至20世纪末，快三入口已有11个实体快三入口和若干非实体快三入口，快三入口在职教工4500余人，在校生近33000人，校园面积近1200亩。
